Historia del descubrimiento y exploración del sitio mediante los relatos de los múltiples viajeros que lo visitaron desde el siglo XIX: Guillermo Dupaix, J.B. Carriedo, Johann von Müller, Désiré Charnay y A.F. Bandelier, entre otros. También se explican las exploraciones de Leopoldo Batres a principios del siglo XX y de Alfonso Caso a partir de 1931, así como los proyectos especiales de arqueología desarrollados entre 1992 y 1994.

El pueblo zapoteca floreció en los valles centrales de Oaxaca y, según las evidencias arqueológicas, es posible establecer que data de hace unos 2,500 años. De esta cultura se deriva la construcción de Monte Albán, un conjunto arquitectónico erigido en un terreno montañoso que constituye la ciudad prehispánica más importante de la entidad.

En esta sala del museo encontraremos dos vitrinas: una con una urna antropomorfa localizada en la Tumba 1, y en la otra, maquetas que muestran la arquitectura monumental de Monte Albán, tanto residencial como ceremonial.  De igual forma, podremos conocer la historia del hallazgo de Monte Albán, así como un friso en dos porciones, que decoraba el muro de un patio descubierto en el interior del extremo este de la Plataforma Norte.

Aquí podemos admirar las Estelas 12 y 13, que son ejemplo de la escritura zapoteca más antigua. Encontraremos también dos vitrinas: la primera con la secuencia cerámica zapoteca establecida por Alfonso Caso, y en la otra, las figurillas y urnas más tempranas en Monte Albán, descubiertas en diferentes espacios residenciales. Se muestra, además, una pequeña tumba de la época I temprana, descubierta en 1972.

Una de las áreas más importantes es la denominada Escritura, en la que se hallan 32 estelas donde están plasmados diversos glifos zapotecas. Ahí puede apreciarse el desarrollo de su sistema de escritura, desde símbolos simples hasta construcciones más elaboradas, que fueron resultado de la observación astrológica.

En esta sala se localizan los Danzantes, individuos grabados en piedra con atributos de seres naturales poderosos, posiblemente relacionados con la política temprana de la urbe o su fundación.

Se exhiben vasos efigie, figurillas y silbatos descubiertos en diferentes áreas del sitio, así como esculturas, cerámica y mica de estilo teotihuacano, que demuestran el intenso intercambio y comercio con La Ciudad de los Dioses en la época IIIB-IV.

Otras piezas destacadas son los monolitos conocidos como “Lápidas de Conquista”, que registran la historia de Monte Albán.

El grupo de 60 estructuras se localiza en el patio central del recinto.

En este espacio se hallan tres vitrinas:

La primera con cráneos y huesos , en los cuales se pueden observar huellas de diferentes prácticas comunes para los zapotecas, como la deformación del cráneo, la trepanación craneal y la mutilación dentaria o incrustaciones de piedra.

En la segunda se muestra un depósito de ofrendas compuesto de vajillas miniatura, cuentas de piedra verde, puntas de proyectil y otros objetos.

Y en la tercera hay vasijas procedentes de dos comunidades importantes ubicadas en el fondo del valle, al este de Monte Albán: Yagul y Mitla.

Hacia el año 500 (época IIIA o principios de IIIB-IV), los zapotecos sacaron algunas grandes lápidas de piedra verde (toba volcánica), conocida como cantera, de yacimientos en el fondo del valle de Oaxaca – de Ixcotel cerca de la Ciudad de Oaxaca o del Valle de Etla- y las subieron a Monte Albán. El epígrafo Javier Urcid ha mostrado una compleja secuencia de utilización de estas piedras.

Primero sirvieron para techar un pequeño edificio (posiblemente sobre la plataforma sur); se grabaron en los cantos extremos de algunas, posesiones de personajes (MA-SP-7) y otros glifos y símbolos enmarcados en cuadros. Es evidente que se trataba de un edificio conmemorativo ya que los mismos personajes aparecen en distintos costados de la piedra.

Posteriormente, en la época IIIB-IV temprana, desmantelaron el edificio y se grabó en la cara de la lápida la representación de un líder sentado, con bastón de mando (MA-SP-1) y un texto largo, aun no descifrado en su totalidad pero con fechas, acciones y tal vez lugares indicados. En las caras de otras lápidas se grabaron representaciones de personajes de la élite, pero en posturas de prisioneros con los brazos atados; cada uno está de pie sobre un glifo de cerro que marca un símbolo que quizás designe su lugar de origen (MA-SP-3 Y 8). Así las lápidas formaron una escena algo similar a la colección de las piedras (MA-SP-1,3Y8) aquí en el museo. Más tarde en la época IIIB-4 tardía, se desmanteló esta escena.

Algunas lápidas fueron reutilizadas como esquineros en la plataforma Sur ya que, por su gran tamaño y peso, resistían la presión de las toneladas de relleno de la plataforma. Otras lápidas fueron dispersadas en el centro de la zona, rotas y fueron también reutilizadas. La piedra MA-SP-5, por ejemplo, fue partida en dos aunque muestra todavía parte de la representación del prisionero, además de la porción superior parcialmente tallada y desgastada para formar la base de una columna.